Stefan Huber wurde in Zürich geboren und an der Hochschule für Musik und Theater in Bern zum Schauspieler ausgebildet. Bereits während seines Studiums wurde er für die Rolle des Tony in West Side Story ans Pfalztheater Kaiserslautern verpflichtet. Sein erstes Fest-Engagement führte ihn für drei Jahre ans Stadttheater Aachen. Dort spielte er neben vielen anderen Rollen den Oswald in Ibsens Gespenster und die Titelrolle in Shakespeares Hamlet. Ein Engagement ins deutschsprachige Original-Ensemble des Musicals Les Misérables brachte ihn an die Vereinigten Bühnen Wien, wo er auch im Musical Elisabeth mitwirkte. In dieser Zeit gründete er die Musical-Comedy-Gruppe TIETZES, mit der er eigene Programme entwickelte und in zahlreiche Gastspielen im gesamten deutschsprachigen Raum sowie regelmässig im Österreichischen Fernsehen zu sehen war.

Sein Debut als Regisseur gab Stefan Huber mit dem Musical Linie 1, darauf folgten u.a. Klassiker wie Anatevka, Cabaret, La Cage Aux Folles, Kiss, me Kate!, My Fair Lady, West Side Story, Evita, die Schweizer Erstaufführungen von Grease und Andrew Lloyd Webbers Aspects Of Love sowie die deutschsprachigen Erstaufführungen von Victor Victoria und Gershwins Crazy For You, jeweils in eigener Übersetzung. Mit qualitativ hochwertig inszenierten Revivals von Anything Goes, Funny Girl, Silk Stockings, Sweet Charity, Next To Normal oder Sunset Boulevard (Da Capo-Musical Award für beste Regie) wird Stefan Huber zu einem der führenden Musical-Regisseure im gesamten deutschsprachigen Raum. Mehrere Jahre arbeitete Stefan Huber für das Schweizer Fernsehen. Über 30 Folgen der beliebten Sitcom-Serien Fascht e Familie, Mannezimmer und Fertig Lustig entstanden durch seine Regie. Einen Namen als Regisseur, Stückentwickler und Autor neuer Schweizer Musicals machte sich Huber mit den Uraufführungen von Heidi 1 + 2, Die Schweizermacher, Gotthelf und Io Senza Te. Letzteres wurde mit dem Prix Walo für beste Theaterproduktion 2015 ausgezeichnet. Ein Grosserfolg war Hubers Neuinszenierung von Nico Dostals Operette Clivia an der Komischen Oper Berlin mit den Geschwistern Pfister, mit denen er wiederholt zusammenarbeitet. Gemeinsam entstanden auch die beiden Operetten Ball im Savoy und Die Rache der Fledermaus, die beide vom BR Klassik mit dem "Operettenfrosch" prämiert wurden. Stefan Hubers Inszenierung des Transgender-Musicals Coco für das Konzert Theater Bern wurde zum Schweizer Theatertreffen 2019 eingeladen.

Als Regisseur und Autor schrieb Stefan Huber zusammen mit dem Musiker Michael Frei die Eigenkreationen Pepper!, A Day on Abbey Road und White - The Album! The Beatles! 1968!, mit denen er die Kult-Alben der Fab Four theatralisch auf die Bühne brachte. Mit dem Musiker Kai Tietje schrieb und inszenierte er die Spoliansky-Revue Heute Nacht oder nie (Verlag Felix Bloch Erben) im Auftrag der Komischen Oper Berlin. Als Übersetzer zeichnet er verantwortlich für die deutschen Fassungen der Musicals Victor/Victoria (Litag Verlag), Crazy For You (Verlag Felix Bloch Erben) und Merrily We Roll Along (Verlag Musik und Bühne). Grosse Anerkennung erlangte Hubers vielbeachtete Inszenierung des Musicals Titanic bei den Bad Hersfelder Festspielen 2017 und 2018. Stefan Huber lebt in Zürich und Berlin.