Der in Bern geborene Dirigent Stefan Blunier studierte in seiner Heimatstadt und an der Folkwang Hochschule Essen Klavier, Horn, Komposition und Dirigieren. Noch während der Studienzeit gründete er das »Ensemble für Neue Musik Essen« und trat als Pianist international in Erscheinung.
Sein dirigentischer Werdegang kann als klassischer Weg durch die Opernhäuser bezeichnet werden. Nach Stationen in Mainz, Augsburg und Mannheim, letztere als 1. Kapellmeister, war er seit der Spielzeit 2001/02 bis zum Ende der Spielzeit 2007/08 Generalmusikdirektor am Staatstheater Darmstadt. Seit Januar 2009 ist er Generalmusikdirektor der Stadt Bonn und somit gleichzeitig Chefdirigent des Beethoven Orchester Bonn und der Oper Bonn. Außerdem wurde er 2010/11 für drei Jahre zum ersten ständigen Gastdirigenten des Orchestre Nationalde Belgique/Brüssel ernannt.
Erfolgreiche Teilnahmen an Dirigierwettbewerben (Besancon 1990 und Malko 1992 in Kopenhagen) führten früh zu Konzertverpflichtungen im In- und Ausland. So gastierte Blunier u.a. bei nahezu allen deutschen Rundfunkorchestern, dem Gewandhausorchester Leipzig, dem Beethovenorchester Bonn, der Staatsphilharmonie Ludwigshafen, den Duisburger Sinfonikern, sowie vielen Orchestern in Dänemark, Belgien, Korea, der Schweiz und Frankreich. Im Bereich der Oper war er an den Opernhäusern in München, Hamburg, Leipzig, Stuttgart und Berlin (Komische Oper und Deutsche Oper), sowie in Montpellier, Oslo und Bern verpflichtet.
Stefan Bluniers programmatische Vorliebe für die Moderne und wenig bekannte Kompositionen der Spätromantik spiegelt sich auch in den Darmstädter Programmen wider: Zu hören waren sinfonische Werke von Hans Pfitzner, Max Reger, Alexander von Zemlinsky, Feruccio Busoni und Arnold Schönberg. Im Opernbereich gab es Raritäten wie Franz Schrekers »Das Spielwerk«, die deutsche Erstaufführung von Kaija Saariahos »L’Amour de loin« sowie Friedrich Cerhas »Der Rattenfänger« sowie die zyklische Aufführung von Wagners Werken.
Für Sony hat Stefan Blunier mit dem Rundfunkorchester Köln sämtliche Violinkonzerte von Édouard Lalo, Emil Nikolaus von Reznicek und Max von Schillings eingespielt.
An der Komischen Oper Berlin dirigierte er in der Spielzeit 2010/11 Francis Poulencs »Gespräche der Karmelitinnen«. 2011/12 wird er bei Bizets Oper »Carmen« am Pult stehen.